Ο Γιώργος Μαστοράκος γεννήθηκε στην Αθήνα. Αποφοίτησε με άριστα από την Ιατρική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών το 1983. Πραγματοποίησε την ειδικότητα της Εσωτερικής Παθολογίας στο Νοσοκομείο Lariboisière στο Παρίσι και στη συνέχεια ειδικεύτηκε στην Ενδοκρινολογία στο Νοσοκομείο Cochin στο Παρίσι.
Κατά την παραμονή του στο Παρίσι βραβεύτηκε με το βραβείο «Resident Étranger des Hôpitaux de Paris» από το «Collège de Médecine des Hôpitaux de Paris». Για τα επόμενα τέσσερα χρόνια υπήρξε Visiting Fellow του Διεθνούς Κέντρου Fogarty στον Τομέα της Αναπτυξιακής Ενδοκρινολογίας του NICHD, Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (NIH), Bethesda, Maryland των Η.Π.Α.